Der Parasit wird zunächst über das Abschlucken von Zysten aufgenommen, die zum Dünndarm gelangen, wo die Zyste sich öffnet und die aktive Form des Parasiten freisetzt. Die einzelligen Giardien befestigen sich an die Dünndarmwand und vermehren sich – zum Teil extrem schnell. Sie beschädigen dort die Darmzotten, was zu einer verschlechterten Aufnahme der Nährstoffe führt. Nach einiger Zeit wandern die Giardien zum Enddarm, wo sie sich erneut verkapseln und als Zyste wieder ausgeschieden werden und andere Tiere oder Menschen infizieren.

Ein von Giardien befallener Hund ist sehr ansteckend, deshalb breiten sich die Parasiten in Zwingern oder Tierheimen mit mehreren Hunden schnell aus. Der Kot junger infizierter Hunde ist besonders infektiös, da er in der Regel große Mengen an Giardien-Zysten enthält. Die Giardien beim Hund überleben als sogenannte Zysten im Kot infizierter Hunde bis zu einer Woche, im Boden oder kalten Wasser bis zu mehreren Wochen. Die Hunde stecken sich über den infizierten Kot, besiedeltes Wasser oder Nahrung, sowie den Kontakt zu erkrankten Hunden mit Giardien an – zum Beispiel, indem sie infizierte Hunde ablecken. Giardien können nur durch eine mikroskopische Untersuchung oder einen sogenannten ELISA Test festgestellt werden. Dazu sollte man über 3 Tage kleine Kotproben sammeln, denn der Hund scheidet nicht sicher bei jedem Stuhlabsatz Giardienzysten aus.